Évaluation de la sélectivité fonctionnelle selon T. Kenakin

Publié le 6 février 2013

Voici deux scripts R qui per­met­tent d’évaluer la sélec­ti­vité fonc­tion­nelle selon la méthode décrite par Terry Kenakin (Department of Pharmacology, University of North Carolina School of Medicine) :

A Simple Method for Quantifying Functional Selectivity and Agonist Bias
Terry Kenakin, Christian Watson, Vanessa Muniz-Medina, Arthur Christopoulos, and Steven Novick. ACS Chemical Neuroscience 2012 3 (3), 193-203

Principales fonctions

  1. Création automatique des courbes concentration-réponse de l’ensemble des agonistes.
  2. Création de tableaux avec tous les paramètres des courbes (EC50, MAX, Ka, τ).
  3. Présentation graphique de toutes les étapes décrites dans l’article de T. Kenakin.
  4. Présentation des statistiques dans un tableau résumé.

Notes sur les scripts

Le script kena­kin_cour­bes.R permet de tracer les cour­bes concen­tra­tion-réponse et de cal­cu­ler τ/Ka. Ces rap­ports sont ensuite uti­li­sés par le script bias.R qui cal­cule les sta­tis­ti­ques selon l’arti­cle de Kenakin.

Il est pos­si­ble de modi­fier les scripts selon vos besoins rela­ti­ve­ment faci­le­ment. Par exem­ple, actuel­le­ment, le maxi­mum uti­lisé pour les cal­culs est celui de l’ago­niste de réfé­rence. Il serait aussi pos­si­ble de fixer ce para­mè­tre dans le cas où l’ago­niste de réfé­rence ne pré­sente pas la réponse maxi­male de tous les ago­nis­tes.

Les scripts sont en évolution cons­tante et la ver­sion dis­po­ni­ble sur ce site peut encore conte­nir des ano­ma­lies dans des condi­tions par­ti­cu­liè­res. Cette ver­sion est la ver­sion géné­ri­que du script que se prête le plus faci­le­ment aux modi­fi­ca­tions.

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